Sobre la alcaldesa de Tlalpan pesa una denuncia realizada en mayo de 2016, cuando era directora de Regularización Territorial por delitos electorales.
Movimiento Ciudadano denunció a Alfa Gónzales por lo que catalogaron como un «grotesco desvío de recursos» en favor del PRD, la denuncia se efectuó ante la Contraloria capitalina, el INE y la FEPADE pues según lo supuesto por los dirigentes de Movimiento Ciudadano en la Ciudad de México no solo se constituyó el delito de desvío de recursos sino que tiene fines electorales.
Dentro del esquema de corrupción que se denunció se involucran actores como Leonel Luna, Mauricio Toledo y la propia Alfa. A través de un programa de condonación de pagos pendientes por los derechos de abastecimiento de agua potable se repartieron volantes con logos del partido del sol azteca y una carta con la firma de Leonel Luna (entonces coordinador de la bancada en la ALDF).
A Alfa se le señaló de generar amplias brigadas de funcionarios de la Dirección General de Regulación Territorial para promover la imagen del partido de manera ilegal pues no se registraba a las personas que llevaban a cabo esta labor en la cuenta pública de la dependencia que encabezó Alfa.
